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Introduzione
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Slides lezioni
Evidenziato
Lezione 1 - Introduzione al corso e riepilogo di argomenti base di bioinformatica
Lezione 2 - Passato, presente e futuro della genomica applicata
Lezione 3 - Tecniche di sequenziamento di DNA
Lezione 4 - Genome sequencing: preparazione di campioni e librerie
Lezione 5 - Strategie di assemblaggio genomico e valutazione della qualitÃ
Lezione 6 - Whole genome resequencing, targeted resequencing e panneli Ampliseq
Lezione 7 - RNA-sequencing
Lezione 8 - Interpretazione biologica del risultato di esperimenti "omici"
Lezione 9 - Approcci di sequenziamento nello studio di interazione tra proteine e DNA e nell’epigenomica
Lezione 10 - altre analisi omiche avanzate
Lezione 11 - Metagenomica
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Registrazione lezioni Stream
Evidenziato
Lezione 01/03/2021 - introduzione al corso e prima parte del riepilogo di argomenti di bioinformatica
Lezione 05/03/2021 - seconda parte del riepilogo di argomenti di bioinformatica
Lezione 08/03/2021 - Passato, presente e futuro della genomica applicata
Lezione del 12/03/2021 - prima parte - Passato, presente e futuro della genomica applicata
Lezione del 12/03/2021 - seconda parte - Sequenziamento di DNA: storia e introduzione alle tecniche
Lezione del 15/03/2021 - Tecniche di sequenziamento di seconda generazione
Lezione del 19/03/2021 - prima parte - Tecniche di sequenziamento di terza generazione
Lezione del 19/03/2021 - seconda parte - Genome sequencing: preparazione di campioni e librerie
Lezione del 22/03/2021 - prima parte - Strategie di frammentazione e librerie Illumina
Lezione del 22/03/2021 - seconda parte - librerie PacBio e ONT, valutazione della qualità . Introduzione all'assemblaggio
Lezione del 26/03/2021 - prima parte - strategie di assemblaggio
Lezione del 26/03/2021 - seconda parte - Scaffolding, librerie Hi-C ed Omni-C
Lezione del 29/03/2021 - prima parte - pianificazione del sequenziamento di genomi e valutazione della qualità di un assemblaggio
Lezione del 29/03/2021 - seconda parte - trimming, targeted resequencing
Lezione del 9/4/2021 - prima parte - pannelli Ampliseq e whole genome resequencing
Lezione del 9/4/2021 - seconda parte - risequenziamento in epoca Covid
Lezione del 12/04/2021 - prima parte - Consegna esercitazione #1
Lezione 12/04/2021 - seconda parte - Consegna esercitazione #1
Lezione del 16/04/2021 - esercitazione 1
Lezione del 19/04/2021 - RNA-seq - preparazione dei campioni ed obiettivi
Lezione del 23/03/2021 - prima parte - RNA-seq: disegno sperimentale e calcolo dei livelli di espressione
Lezione del 24/04/2021 - seconda parte - analisi di espressione genica differenziale
Lezione del 26/04/2021 - prima parte - visualizzazione di dati "omici"
Lezione del 26/04/2021 - seconda parte - assemblaggio de novo di trascrittomi, annotazione strutturale e funzionale
Lezione del 30/04/2021 - prima parte - test di arricchimento funzionale
Lezione del 30/04/2021 - seconda parte - Ingenuity Pathway Analysis
Lezione del 03/05/2021 - prima parte - iPathway Guide
Lezione del 03/05/2021 - seconda parte - DNase-seq, FAIRE-seq, MAINE-seq, ATAC-seq
Lezione del 7/5/2021 - prima parte - ChIP-seq
Lezione del 07/05/2021 - seconda parte - metodi per lo studio di modificazioni epigenomiche
Lezione del 10/5/2021 - prima parte - dall'epigenomica all'epitrascrittomica
Lezione del 10/5/2021 - seconda parte - studio di modificazioni epitrascrittomiche
Lezione del 14/05/2021 - prima parte - trascrittoma vs traslatoma
Lezione del 14/05/2021 - seconda parte - RAD-seq, ddRAD e 2b-RAD
Lezione del 17/05/2021 - prima parte - Metagenomica
Lezione del 17/05/2021 - seconda parte - Studio delle comunità microbiche
Lezione del 24/05/2021 - esercitazione 2
Lezione del 28/5 - esercitazione 2 (seconda parte)
Lezione del 31/5 - esercitazione 3 (prima parte erroneamente non registrata)
Lezione del 31/5 - esercitazione 4, prima parte
Lezione del 4/6 - esercitazione 4 - seconda parte
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Splides e videolezioni del corso triennale di bioinformatica
Evidenziato
Pagina Moodle corso di Bioinformatica aa 2019-2020
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Materiale di approfondimento
Evidenziato
Editoriale del primo numero della rivista Genomics
Milestones in DNA Technologies
Video esplicativi sulle metodologie di sequenziamento
WHO - codice di condotta per il rilascio dei dati genomici di patogeni
Ingenuity Pathway Analysis - esempio di analisi completa
iPathwayGuide - esempio di analisi completa
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Materiale per esercitazioni di laboratorio
Evidenziato
Esercitazione 1 - genomi
Esercitazione 1 - genomica epidemiologica di SARS-CoV-2
Esercitazione 2
Esercitazione 2 - materiale
Esercitazione 3 - materiale
Esercitazione 3 - articolo di riferimento
Esercitazione 3 - PCA online
Esercitazione 3 - Heat Map online
Esercitazione 3 - Functional enrichment online
Esercitazione 3
Esercitazione 4 - file x visualizzazione Krona
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Esempio domande di esame
Evidenziato
Esempio domande di esame
Esempio domande di esame con soluzioni
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Prenotazione appello del 7/6/2021 (N.B. segnatevi entro al 4/6!)
Evidenziato
File excel per la prenotazione
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Topic 8
Evidenziato
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Topic 9
Evidenziato
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167LM - ANTROPOLOGIA PER L'INSEGNAMENTO 2019
Lezione 7 Identità come costruzione sociale
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